玩家在游戏初期可以选择自己喜欢的阵营，游戏中阵营分为轩辕和蚩尤两大类。选择进入阵营以后，在部分地图会强制开启阵营模式，为了捍卫自己阵营的荣誉而战斗。

1.轩辕皇族

　　很久以前，在大地西北方的姬水河畔，生活着两个古老的部落，有熊氏族和有虫乔氏族。他们世代以水为姓，通婚融合，不断发展。某年，有熊氏族的首领少典，娶了有虫乔氏族中的女子附宝为妻。一天晚上，附宝观看北斗七星时，天枢之处忽然白光闪耀，照得四野通明。附宝受到感应怀孕了，后来，她在寿丘生下一个儿子，取名轩辕。轩辕生来神奇灵异，很小就开始说话，少年时反应迅速，长大了品质敦厚才思敏锐，成人以后更是聪明绝顶。少典死后，轩辕成为有熊氏族的首领，娶西陵部落首领的女儿嫘祖为妻，嫘祖教人们种桑养蚕。他们居住的地方被称为：轩辕之丘。那时候，由于姬水河流域人口越来越多，轩辕决定率领部落向东迁移。在东进过程中，他们遇到了已经迁移过来的炎帝部落，双方发生冲突。在阪(bǎn)泉的旷野上打了三次仗后，两个部落合并结盟，统一归轩辕领导，尊称轩辕为“黄帝”。炎帝自己则去了南方，教化那里的人们。经过这次融合，黄帝所率领的氏族空前强大。于是，黄帝决定在泰山之上聚会鬼神。适时，黄帝驾乘宝象车，由六条蛟龙牵引驶向泰山；鹤形、人面、一足的神鸟毕方在车旁侍奉；风伯打扫道路，雨师淋洒净水；炎帝的下属蚩尤率领虎狼走在车的前方，鬼神们跟在车的后方；兴云驾雾，无翅能飞的腾蛇伏在地面，而凤凰则飞在宝象车的上面。

　　涿鹿一战，轩辕族和九黎族血流成河，无数勇士的生命换来了轩辕族的最后胜利，但是九黎族的骁勇在黄帝心中留下了深刻的印象。为了不让九黎族再有机会重回中原，黄帝建立了秘密的组织，这一个组织被称为“玄宗”。

　　“玄宗”子弟必须是轩辕族王亲，从小接受残酷的训练，修习各种法术、战技，成年以后就被派遣到四荒之地追杀残余的九黎族。岁月穿梭，九黎族的踪迹消失在轩辕族的视野中，而“玄宗”子弟的任务也从追杀九黎余孽，转到清除各地妖乱、建立章法。

　　为了建立一个理想中的国度，“玄宗”集合了大量有才学的人编写《圣典》，这个典章事无巨细，一切都有规范，违反者就被认为是触犯典法者，由“玄宗”子弟加以讨伐。为了保留最初的《圣典》，“玄宗”找到了一块僻静的地方，动用无数劳力建立了圣殿，并由最强大的“圣贤先师”以“禁咒”的力量施以“屏障”加以保护。

　　这个地方，就是“玄宗圣地”。

　　“玄宗圣地”屹立了上千年，其间几经废兴，能人辈出，每一次朝代的替换都有“玄宗圣地”的人在背后推波助澜。他们消灭背弃《圣典》的旧皇朝，推选符合标准的继承者，规范着中原皇朝向他们理想中的国度前进。

　　正在玄宗圣地处于最颠峰的时期，一个名为“焚天”的组织象幽灵一样出现在世人面前。焚天派出的代言人帝辛(纣王)暗率群妖协助，统一人间成立商朝。商朝任用“魔境”的人担任重要官职，用一种完全不同《圣典》的治世来统治天下。

　　“玄宗”的人并不甘心就此失败，他们在“玄宗圣地”积蓄力量，秘密派遣子弟前往各地挑选有才能的继承者，钻研更为深奥的法术和战技。他们渴望着重新获得中原的统治权，让中原继续按照《圣典》的规范发展下去。

　　轩辕族请求女娲帮助，遂派妲己乱政，商纣王的暴政，给了“玄宗圣地”最好的机会，他们以“光复正道，再建圣朝”的理想又一次踏入人间……

2.蚩尤魔族

　　泰山聚会的场面宏大而威严，黄帝感慨万千，亲自创作并演奏了一首名叫《清角》的乐曲。看到黄帝志得意满的样子，炎帝的下属蚩尤非常不服气。回来以后，他联合风伯、雨师、夸父等部落首领，兴兵作乱，不再听黄帝的命令。蚩尤是苗蛮九黎氏族的首领，好战喜乱，非常厉害，飞空走险如履平地。另外，他还有18个兄弟，号称是神族的后裔。都是兽身人语，铜头铁额，不食五谷，只吃河石。同时，他们还会制作棍棒、刀、戟、大弩等兵器，因此威震天下。阪泉之役如果不是炎帝主和，胜负结果很难预料。

　　涿鹿一战，轩辕族和九黎族血流成河，九黎族惨败退出中原，散往四荒之地。此后数百年都被“玄宗”子弟追杀。为了保存九黎族最后的血脉，残余的九黎人不得不隐姓埋名，和当地的部落杂混而居，并发展出北狄、南蛮、西戎、东夷。

　　这些被中原鄙称为蛮夷的部族，一直以来都受到中原势力的压迫，其间虽然有犬戎入缟京、匈奴兴起的辉煌，但是中原势力强大，很快就被打压消灭。

　　但是九黎遗族并不甘心就此失去中原，他们一边积累自己的实力，一边针对“玄宗”培育自己的组织，这一支组织被命名为“焚天”，取的是“焚尽轩辕族的天空，改变天下大势”的意思，并在苗疆隐秘地方建立了“焚天魔境”。

　　“焚天”和“玄宗”的争斗一直在黑暗中进行，双方的战斗残酷无情，直到商朝建立，妖魔兴起，“焚天”的势力才占据了压倒性的优势。几千年的仇恨，在这一刻得到宣泄，“焚天”的精锐高手对“玄宗”子弟进行大清洗，一度迫使“玄宗”势力退出中原，退守辽东圣地。

　　不久以后，商纣登上王位，并在“焚天”鼓动下，发动了对东夷的征战，以争取一举歼灭“玄宗”的残余力量。这场战争对于人间来说无疑是悲剧性的，东夷人在“玄宗”的配合下，给予商朝部队毁灭性打击。几十万商朝精锐士卒丧生东夷，其中不乏“焚天”的精锐高手。不甘心失败的“焚天”鼓动商纣连年征伐，并从自己的秘境“焚天魔境”调集了大量好手辅助商朝军队进攻。经过几百年的征战，东夷被灭，但同时“焚天”也遭到了惨重的损失。“玄宗”获得了难得的机会，他们扶持周武王伐纣，以“光复正道，再建圣朝”的理由重入中原，一场圣魔之间的最后决战就这么轰轰烈烈展开了。